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 sélection génétique et consanguinité

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RivulusGreg
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MessageSujet: sélection génétique et consanguinité   2008-03-09, 13:36

(Sujet issu de la division de ce sujet http://aqua56.forums-actifs.net/je-vends-f3/vds-guppys-mare-de-l-esperancest-martin-2003-t1003.htm#18373 )


Bon,

Vous devriez lire l'article sur la consanguinité dans le dernier article d'aqua-plaisir (n°126). Lui même est une resucée d'un article de JF Agnése (généticien pro sur les poissons) dans une killi-revue de l'an dernier.

En gros, Si on élimine serieusement les tares au fur et à mesure, la consanguinité n'est pas un probléme, ou plutôt un moindre mal. Pire, c'est en recoupant les souches que vous risquez de faire ressortir des combinaisons de génes défavorables. Bref, à mon avis, ne recoupez pas, essayez plutôt d'augmenter l'effectif de chacune de vos souches et de sélectionner non pas les plus beaux, mais plutôt de virer les malformés. Bref, je sais que c'est dur mais essayez de sélectionner comme le ferait un prédateur plutôt qu'un esthéte.

Bon je dis ça parce que le but c'est de péreniser une souche sauvage typée. Par contre, si vous voulez en faire des guppys de concours, alors d'accord, croisez, sélectionnez ce qui vous plaît, fixez des caractères, recroisez, etc... Il n'y a à mon avis que dans ce cas que "couper sa souche" prend un sens. Mais le métier de sélectionneur ne s'invente pas, il vous faudra un minimum de notion et de formules mathématiques.

Bon, je prépare un article sur la génétique pour aquariophile, je vous donnerai plus d'arguments et vous vous ferez une opinion par vous même...

A+


Dernière édition par RivulusGreg le 2008-03-09, 20:20, édité 1 fois
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Davdd
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MessageSujet: Re: sélection génétique et consanguinité   2008-03-09, 13:55

RivulusGreg a écrit:
En gros, Si on élimine serieusement les tares au fur et à mesure, la consanguinité n'est pas un probléme, ou plutôt un moindre mal. Pire, c'est en recoupant les souches que vous risquez de faire ressortir des combinaisons de génes défavorables. Bref, à mon avis, ne recoupez pas, essayez plutôt d'augmenter l'effectif de chacune de vos souches et de sélectionner non pas les plus beaux, mais plutôt de virer les malformés. Bref, je sais que c'est dur mais essayez de sélectionner comme le ferait un prédateur plutôt qu'un esthéte.


C'est bizarre, d'habitude on dit toujours que les animaux "croisés" entre plusieurs races sont plus résistants que les autres et que les reproductions entre membres de la même famille provoque des tares. Et avec les poissons c'est l'inverse.
Tu crois que je pourrais garder des poissons de même parents qui se reproduisent entre eux pendant plus de 10 générations sans qu'il y ai énormément de malformés ?

Si oui, c'est le cas avec toutes les espèces de poissons ou juste quelques unes en particulier ?
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jm8021
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MessageSujet: Re: sélection génétique et consanguinité   2008-03-09, 14:19

RivulusGreg a écrit:
Bon,

Vous devriez lire l'article sur la consanguinité dans le dernier article d'aqua-plaisir (n°126). Lui même est une resucée d'un article de JF Agnése (généticien pro sur les poissons) dans une killi-revue de l'an dernier.

En gros, Si on élimine serieusement les tares au fur et à mesure, la consanguinité n'est pas un probléme, ou plutôt un moindre mal. Pire, c'est en recoupant les souches que vous risquez de faire ressortir des combinaisons de génes défavorables. Bref, à mon avis, ne recoupez pas, essayez plutôt d'augmenter l'effectif de chacune de vos souches et de sélectionner non pas les plus beaux, mais plutôt de virer les malformés. Bref, je sais que c'est dur mais essayez de sélectionner comme le ferait un prédateur plutôt qu'un esthéte.

Bon je dis ça parce que le but c'est de péreniser une souche sauvage typée. Par contre, si vous voulez en faire des guppys de concours, alors d'accord, croisez, sélectionnez ce qui vous plaît, fixez des caractères, recroisez, etc... Il n'y a à mon avis que dans ce cas que "couper sa souche" prend un sens. Mais le métier de sélectionneur ne s'invente pas, il vous faudra un minimum de notion et de formules mathématiques.

Bon, je prépare un article sur la génétique pour aquariophile, je vous donnerai plus d'arguments et vous vous ferez une opinion par vous même...

A+

yes, c'est pourquoi je dis bien que je ne veux pas les mélanger. Mais je n'ai pas assez de recul sur la consanguinité, et n'ayant pas de soucis je ne m'étais pas posé la question. Merci pour l'éclaircissement Wink . Ca me conforte et me rassure pour l'avenir de la souche.
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MessageSujet: Re: sélection génétique et consanguinité   2008-03-09, 14:42

Dans les animaleries, ils mélangent plein de couleurs différentes, ça doit être pour ça que les petits qu'ont obtiens avec ont souvent des colonnes vertébrales tordues.
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jm8021
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MessageSujet: Re: sélection génétique et consanguinité   2008-03-09, 14:53

Pour les souches d'animalerie, il y a encore le soucis de souches qui sont trop "poussées" et élevées dans des bains d'antibiotiques..
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MessageSujet: Re: sélection génétique et consanguinité   2008-03-09, 15:05

J'ai trouvé un article très intéressant sur la consanguinité :

http://france.vivipare.free.fr/article.php3?id_article=72

Il recommande d'introduire du sang neuf une fois de temps en temps pour éviter de sélectionner des guppys qui soit uniquement adapté à un seul aquarium.
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Aphanius
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MessageSujet: Re: sélection génétique et consanguinité   2008-03-09, 17:16

En fait à la lecture de l'article il n'est pas necessaire d'apporter du
sang neuf tant que tous les poissons porteurs de tares sont
systématiquement éliminés dès le début!... Donc pour moi pas de
problème pour maintenir sur des générations des poissons sans apport de
sang neuf...
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RivulusGreg
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MessageSujet: Re: sélection génétique et consanguinité   2008-03-09, 18:21

Oui, on peut avoir plusieurs lectures.

Pour les croisements de races, oui, on cherche à bénéficier de l'effet d'hétérosis. Mais justement ce sont des races sélectionnées par l'homme depuis des lustres, Le probléme de ces hybrides (intraspécifiques) c'est qu'en les reproduisant à nouveau on obtient du grand n'importe quoi et c'est à s'en arracher les cheveux pour resélectionner.
Ensuite, le probléme des races c'est que des critéres inscrits au standard de la race peuvent être des tares en eux-même.

Bref, c'est spécial et nous sommes ici sur un cas de souche sauvage certainement naturellement très consanguine. En effet, cette souche est insulaire et hors de l'aire naturelle de l'espèce. Si on admet un introduction accidentelle par un aquariophile ou un service de démoustication, il devient probable que la souche ne soit pas issue de plus de quelques dizaines d'ancêtres grand maximum...

Bref, rien n'est aussi simple qu'on le croit. Mais rien ne t'empêche d'utiliser des individus de cette souche pour injecter de nouveaux génes à un guppy sélectionné que tu voudrais améliorer, mais je pense que tu ne devrais pas couper ta souche. Maintenir 100 individus au lieu d'un trio et la diffuser à des copains de confiance pour l'élever à long terme sont peut-être la seules choses qu'on puisse faire. Mais surtout, éliminez les tares et essayez de conserver les photos des ancêtres afin de s'apercevoir des dérives.

A+

PS : Navré de polluer un sujet de vente de beaux poissons, si un admin pouvait couper notre flood pour en faire un sujet à part, type "sélection génétique et consanguinité", ce serai bien car c'est un sujet très intéressant pour qui veut conserver à long terme du "sauvage"
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jm8021
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MessageSujet: Re: sélection génétique et consanguinité   2008-03-09, 20:07

merci beaucoup pour ce débat très intéressant Wink
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MessageSujet: Re: sélection génétique et consanguinité   2008-03-09, 20:30

Pour des crevettes prolifiques comme les red cherry, la consanguinité est-elle un risque ou est-elle bénéfique comme pour les guppys ? J'en introduirais bien plus tard après des guppys et c'est vrai que si il n'y a pas besoin de rechercher du sang neuf régulièrement, ça sera peut-être moins compliqué.
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Aphanius
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MessageSujet: Re: sélection génétique et consanguinité   2008-03-09, 20:38

Pour les red cherry cela fait 3 ans maintenant que j'ai des individus
qui proviennent de 10 individus au départ... et pas de problèmes
jusqu'à présent... cela se reproduit toujours autant...
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RivulusGreg
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MessageSujet: Re: sélection génétique et consanguinité   2008-03-09, 21:02

En fait, nous devons, en aquariophilie, nous familiariser avec la notion de "fitness" qui mesure la capacité des génes à se perpétuer à travers leurs porteurs.
Selon la théorie de la "conspiration des génes", nous ne sommes que des "pantins" au service de nos génes poussés à nous reproduire pour leur permettre de se diffuser à travers la génération suivante. C'est extrême, mais cela résume assez bien le principe des choses.

Bon, Il est clair qu'une forte consanguinité entraîne une grande perte de fitness mais qui ne s'exprimera qu'en cas de modification de l'environnement (naturel ou de l'aquarium donc en cas de déménagement, achat par un autre aquariophile, etc...). Ce qu'il faut comprendre, c'est qu'on parle ici en terme de probabilité, on n'a aucune certitude sur le probléme avant d'y être confronté.

Ensuite, les red cherry sont des sélections faites à partir de Neocaridina heteropoda (grises) parmi lesquelles est apparu un jour un mutaant de couleur rouge. Ce mutant a transmis ses génes à ses enfant et à chaque tirage (si je puis m'exprimer ainsi), on resselectionne des individus rouges jusqu'à n'avoir plus que cela à chaque reproduction. Fait par des professionnels, cela ne posera pas trop de probléme de recouper une pop de rouges avec des grises puis de reselectionner sur le rouge. Mais, à la différence de l'amateur, un pro ne prendra ce risque que si la natalité devait chuter drastiquement ou la mortalité crever les plafonds.

Avec des heteropoda grises et des red cherry, on peut s'amuser à croiser des mâles gris et rouges avec de jeunes femelles élevées individuellement et suivre des lots de descendance sur 2-3 générations pour dresser des tableaux statistiques de croisement et essayer de savoir dans quel scénario génétique on se trouve. Une fois qu'on le sait (si on a la chance de se trouver dans un cas simple), si la longévité est suffisante, on peut même croiser un jeune mâle avec sa mére pour être sûr de l'homozygotie des descendants, on appelle ça un back-cross...

Alors, le nerf du systéme, c'est de reselectionner en permanence par rapport au type ou au contraire si un mutant intéressant apparaît de sélectionner sur son caractére original puis à l'enrichir de caractères issus d'autres souches.

En fait, il faut se mettre d'accord sur ce qu'est une tare.
Toute altération nuisible à la santé du poisson est une tare, ok. Mais, c'est aussi parfois un caractère qui va intéresser la sélestionneur. Pensez-vous que de grandes nageoires "voiles" aident un mâle à fuir un prédateur ou à féconder une femelle fuyantes plus vite que le petit vigoureux à queue courte ?
Donc, la notion de tare est à modérer selon les buts poursuivis, maintien de souche sauvage ou sélection de beaux poissons pour le simple plaisir des yeux.

Bref, un métier vous dis_je !

A+
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dave56
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MessageSujet: Re: sélection génétique et consanguinité   2008-03-09, 21:08

Yep, super ce post!
Pour les invertébrés, j'ai entendu dire que les problèmes de consanguinité seraient beaucoup moins avérés que chez les vertébrés (je ne vois pas trop pourquoi mais bon, faudrait que j'en parle à ma belle-maman qui est prof de bio!)
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MessageSujet: Re: sélection génétique et consanguinité   2008-03-09, 21:14

merci pour ce post très interressant. c'est une suite aux discution que l'on avait eu avec gilles
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RivulusGreg
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MessageSujet: Re: sélection génétique et consanguinité   2008-03-09, 22:03

Si tu prend le cas des insectes, ce sont des "robots à protéine G", des organismes très simples en comparaison des vertébrés (même des poissons). Mais cela n'empêche pas des problémes "d'essoufflement".

Par exemple, il existe une souche de criquets migrateurs de labo, blanc (pseudo-albinos disons). Or l'alléle (une des formes possible sur le géne) commandant une couleur de cuticule "blanc" est récessif (dominé) donc un criquet de caractére (phénotype) blanc posséde obligatoirement une paire d'alléles "blancs" et en conséquence ne peut transmettre qu'un alléle "blanc" à sa descendance via ses spermatozoïdes ou ovules.

Bref, cette souche historique en labo depuis 60 ans s'essoufle de temps à autres. Donc, on les recroise avec des criquets d'autres souches ou sauvages et on isole le "pool" des descendants. On ne garde que les descendants "blancs" en F1, puis on récupére les "blancs" en F2, puis on récupére les "blancs" en F3 et c'est reparti pour 10 ans.

Sur ces 3 générations, les chromosomes des "hybrides" vont échanger de petits morceaux (exactement comme quand on bat des cartes et qu'on les resépare en deux paquets). Du coups, le géne "blanc" se retrouve associé à d'autres génes issus des géniteurs "colorés". Ce n'est pas un probléme puisque le seul critère sur lequel on les sélectionne, c'est le fait d'êtres "blancs" et accouplé à un autre criquet "blanc" de ne donner que des "blancs".

On est sur un scénario favorable où un seul géne est concerné et qu'on ne reselectionne que sur un alléle recessif. A titre de comparaison, si on voulait sélectionner des humains sur la couleur de leur peau, on devrait compter avec 3 génes et plus de deux alléles pour certains soit 64 nuances de peau (sans parler de la capacité à bronzer plus ou moins, à avoir des taches de rousseur...) pour encore plus de combinaisons génétiques (génotypes) en réalité.
Ou bien encore un charolais dit "culard" est un bovin présentant une hypertrophie musculaire notamment de l'arrière-train. Pour obtenir un tel bestiau, il faut une combinaison favorable dans l'expression de pas moins de 12 génes...

Cependant, pour reprendre l'exemple des criquets, si la souche faiblit périodiquement, c'est certainement parce qu'une tare invisible est associée au caractére "blanc", très souvent. Donc, en ressélectionnant, soit on conserve la tare parce qu'elle est récessive et voisine du géne "couleur de cuticule" sous la forme "blanc". Soit, les introductions de génétique extérieures aménent leurs lots de tares invisibles et nous envoient dans le mur alors qu'on cherche par ce biais à éliminer une tare initiale et discréte (indécelable par un examen simple) qui nous enquiquine.

Par exemple, le wolfhound, lévrier irlandais, a failli disparaître au XIXéme. Aujourd'hui, cela reste une race à très faible effectif (qui veut d'un chien qui mange 1,5kg de croquettes par jour ?). Il est arrivé un moment donc, où un grand champion a sailli la plupart des levrettes d'élite donnant naissance à des mâles parmi les plus grands champions et ainsi de suite, saillissant finalement toutes les levrettes disponibles ... Probléme, notre grand champion était atteint d'une tare génétique sur le chromosome sexuel Y et l'a transmis à toute sa championne de descendance. Le temps que la science s'en mêle, le mal était fait et les meilleurs mâles meurent prématurément à 6-7 ans. Donc, ici, on a un parfait exemple du truc con et incontrôlable qui peut arriver à nos poissons. Un individu, introduisant une tare "silencieuse" dans un cheptel de faible effectif (nos poissons par exemple) et c'est la catastrophe.

Bref, dans la mesure où on n'a pas la connaissance exhaustive des tenants et aboutissants de chaque géne, alléle et systéme de régulation génétique de nos poissons, il est indubitable que le maintien d'une souche comporte aussi une part de chance. Mais, la tâche de l'éleveur, c'est d'aider la chance au maximum en surveillant rigoureusement ses poissons.

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RivulusGreg
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MessageSujet: Re: sélection génétique et consanguinité   2008-03-09, 22:04

Vous me suivez ?
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MessageSujet: Re: sélection génétique et consanguinité   2008-03-09, 22:13

yes!! bravo pour le topo chef Wink
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RivulusGreg
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MessageSujet: Re: sélection génétique et consanguinité   2008-03-09, 22:21

En conclusion donc, même si une souche extrêmement consanguine aura moins de potentiel de "fitness" pour s'adapter (en tant que population) à un changement d'environnement. Elle a certainement plus d'avenir que si en espérant ramener de la diversité via du "sang neuf", on fait rentrer des tares invisibles.
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dave56
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MessageSujet: Re: sélection génétique et consanguinité   2008-03-09, 22:40

Super Clair pour moi, merci greg!
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MessageSujet: Re: sélection génétique et consanguinité   2008-03-09, 22:43

+1 très clair Greg
et quand tu parles de "levrettes" je comprends encore mieux :zinzin:

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MessageSujet: Re: sélection génétique et consanguinité   2008-03-09, 22:54

J'étais sûr que ça allait plire à un splendide spécimen d'annamite phalloïde tel que toi ! :dents:
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Wulkain
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MessageSujet: Re: sélection génétique et consanguinité   2008-03-10, 11:19

Merci greg, c'est on ne peut plus clair ^^
Et je comprend mieu les kilis du coup Smile
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Vatoumba
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MessageSujet: Re: sélection génétique et consanguinité   2008-03-10, 11:33

RivulusGreg a écrit:
J'étais sûr que ça allait plire à un splendide spécimen d'annamite phalloïde tel que toi ! :dents:

:excellent:
Je savais bien que cet article m'était destiné...
D'autres dans le même esprit stp :zinzin:

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yayou56
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MessageSujet: Re: sélection génétique et consanguinité   2011-08-22, 14:33

Impressionant !!
Très enrichissant ce topic ! Je pensais que la consanguinité était à éviter absolument.
Mais enfaite pas tant que ça...
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MessageSujet: Re: sélection génétique et consanguinité   

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